Заместитель главного редактора издания «Медуза» Татьяна Лысова тесно связана с беглым олигархом Михаилом Ходорковским и его структурами. Лысова была свидетелем защиты в деле Ходорковского и Лебедева (второе дело ЮКОСа). Она прилагала все усилия, чтобы создать главе нефтяной компании позитивный образ. Об этом со ссылкой на сайт «Комитет защиты национальных интересов».

Известно, что муж Лысовой работал в «Альфа-банке» аналитиком, а ранее был связан с нефтегазовым сектором.

На запуск проекта Ходорковский перечислил «Медузе» 250 тысяч долларов США. Издание также получает гранты от западного фонда OAK Foundation и шведского правительственного агентства SIDA. Обе эти организации финансируются из фонда Джорджа Сороса.

Помимо этого, «Медуза» тесно сотрудничает с Прибалтийским центром совершенствования медиа, основная задача которого — противостояние российским СМИ.

«Комитет национальных интересов» также указывает, что «Медуза» и другие оппозиционные российские СМИ создали «Синдикат-100», рассчитывая получить от Госдепа США грант в размере 5 миллионов долларов. Средства предназначены для поддержки «продемократических объединений России».